人权高专办约三分之一的经费来自联合国的经常预算。这一预算由联合国大会每两年批准一次。2005年，出席世界首脑会议的各国领导人支持了一项承诺，即在五年内将人权高专办的经费增加一倍。自此，拨给人权高专办的经常预算在数量上逐渐增加。尽管如此，联合国经常预算总额中用于人权事务的比例仍然很小，仅为2010年至2011年两年期预算的2.8%，即142743800美元。

人权高专办的另外三分之二预算需求由会员国和其他捐助者的自愿捐款予以满足。2005年至2009年间，自愿资助呈现大幅增长。然而，在2010年，人权高专办注意到了全球经济衰退的影响，自2005年以来，第一次经历了自愿捐款的明显减少——从2009年的1.18亿美元减至2010年的1.09亿美元。

在所提供的经费中，未指定用途的部分约占56%。未指定用途的经费近年来稳步上升，从2004年的20%升至2009年的56%。高级专员借一切机会呼吁捐助者提供更多未指定用途的捐助，从而让办事处在资源分配上能够拥有更多的灵活性和自主权。

约58%的自愿资助用于支持约60个代表/代表处的工作，这些代表/代表处很少等到经常预算的支持。其余部分用于人权高专办其他领域的工作。

信托基金

人权高专办还是三个人道主义信托基金的秘书处：联合国援助酷刑受害者自愿基金、联合国当代形式奴隶制问题信托基金和联合国援助土著居民自愿基金。这些基金是根据联合国大会决议而设立的，旨在为个人、组织和活动提供资源支持，以推动具体的人权议题。每项基金均由受托人董事会加以管理，受托人董事会依照基金的任务授权，通过赠款方式对基金进行分配。 

人权高专办2000年至2010年经费总览
数据按2010年12月31日

2000年至2010年指定用途和未指定用途的经费
数据按2010年12月31日